对于单抗隆抗体蛋白质的从头测序来说，其序列准确性是最为重要的因素。一个氨基酸错误就可能使抗体失去活性。因些，我们进行长期的努力研究开发多种技术以提高抗体测序的准确性。

利用液质联用技术进行单抗从头测序得到完全准确的抗体序列有两个主要的困难：

1）确定抗体可变区域的序列是非常困难的，因为抗体序列有很大的多样性，事实上每个新分离出来的单抗都有独有的序列，所以利用序列同源性的搜索是很难得到准确单抗序列的。以抗体中六个CDR区域为例，一个典型的CDR区平均含有十个氨基酸，共有约20E10=1E13种可能的序列，在这个庞大序列空间中找到唯一正确的序列是极端困难的分析工作；

2）亮氨酸和异亮氨酸有着完全一样的质量和非常相近的化学特征，区分这两种氨基酸也会非常困难。基于以上的原因，一个近期发表的刊物上作者正确地预言：现有的质谱测序技术非常罕见地能为可变区域鉴定出唯一的明确序列。（“Modern mass spectrometry-based sequencing will rarely, if ever, provide a single unambiguous sequence for the variable domains “(MAbs. 2016 Apr;8(3):501-12)）。

    为了应对这些挑战，我们一直致力于抗体从头测序的新技术发展，包括多种处理步骤以及十几种生物信息学工具，其中也包括区分亮氨酸/异亮氨酸的软件包。我们已经为上百种抗体样品测序过，而且其中绝大部分都被证实了，所以，我们有充分的信心能够为我们的客户提供世界上最好的单抗测序技术和服务。