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技术 (Technology)


无标记质谱定量:

    我们根椐发表的文献开发了无标记质谱定量的蛋白质组学方法(文献 1)。在这个方法中,一个蛋白质的相对丰度是通过肽段的质谱强度以及串联质谱激发的碎片化肽段的强度信息综合而来。我们开发的专有软件包可以在无标记蛋白质质组学中分析蛋白质的相对比例定量。这个方法可以用于任何蛋白质样品,包括原代细胞样品,组织及血液样品。这个技术可以在超过80%情况下准确预测蛋白质含量。


SILAC标记(Stable Isotope Labeling by Amino Acids in cell Culture):

   该方法中,在细胞培养液中添加含有稳定同位素C13的精氨酸、赖氨酸,这样蛋白质产物也会被相应的同位素标记上(文献 2)。由于SILAC标记发生于的细胞生长阶段,不同标记的细胞可以在细胞裂解和蛋白质分离纯化前已经合并在一起,这样因蛋白质分离步骤造成的差异就可以忽略不记了。经稳定同位素标记的蛋白质与常规蛋白质相比,除了在质量上有轻微差异外,生物和化学特性一般会相当一致。这个方法可以为两个样品中的蛋白质含量提供一个准确的计量。我们也已经开发了专有的软件工具,用于分析SILAC标记样品中的蛋白质组学数据。SILAC标记方法的局限性:1)一般不能应用于组织、血液和一些原代细胞系;2)同位素标记的细胞培养非常昂贵。


参考文献:

1. Griffin, N., Yu, J., Long, F., Oh P., Shore S., Li, Y.,  Koziol J., & Schnitzer, J., Label-free, normalized quantification of complex mass spectrometry data for proteomic analysis (2010) Nature Biotechnology 28, 83-91 .

2. Blagoev, B., Kratchmarova, I., Ong, S. E., Nielsen, M., Foster, L. J. and Mann, M,. A proteomics strategy to elucidate functional protein-protein interactions applied to EGF signaling. (2003). Nature Biotechnology. 21, 315-318.